Por motivos de segurança do usuário responsável pela emissão de NFS-e, o Módulo Emissor de NFS-e possui um tempo de expiração padrão para as suas páginas. Depois do acesso do usuário, se o sistema fica aberto, deixa de ser utilizado e expira o tempo de segurança, basta sair da tela e acessar novamente o Módulo Emissor NFS-e.
A mensagem informando que o código de confirmação não confere só é exibida quando o código digitado não corresponde ao código que está em memória.
Caso esteja trabalhando em uma rede com proxy, é possível que seu dispositivo esteja tentando utilizar uma imagem antiga que está em cache, fazendo com que a imagem anterior seja carregada, sem atualizar seu conteúdo.
Para garantir que você esteja com a imagem atualizada correspondente ao código em memória, aperte as teclas CTRL+F5 para atualizar a tela, antes de efetuar o login.