O prazo para o cancelamento é de quinze dias contados da geração da NFS-e, não podendo ser efetivado após o dia 5 do mês seguinte à sua competência, no caso de cancelamento por não prestação de serviço ou por duplicidade de emissão. Deverá ser feito via Módulo Emissor On-line da NFS-e ou por Web service, desde que seja identificado o tomador através do Nome ou Razão Social e CPF ou CNPJ.
Após esse prazo ou quando o tomador não estiver identificado na nota, é possível fazer o cancelamento apenas com registro prévio no Módulo Emissor On-line e posterior protocolo de processo administrativo junto ao Fisco Municipal, com justificativa da ocorrência e, sendo o caso, a juntada de documentação pertinente, inclusive declaração firmada pelo representante legal do tomador do serviço, com firma reconhecida em cartório, ratificando a ausência da prestação.